Алауитите са били подложени на повече от шест масови кланета, най-известното от които е през 1218 г., когато те изпращат молба за помощ до принц Макзун Синджари, емира на планината Синджар, да ги спаси на сирийския бряг, особено в Латакия и Баниас, където срещу тях се събират армии на Аюбидите и някои фракции, принадлежащи към сектата Низари, известна по това време като Асасините. 

Второто клане се случва през 1516 г. от османците по време на управлението на Селим I в района на Тел в Алепо, където главите на алауитите са струпани под формата на могили в опит на османците да унищожат алауитската секта. Някои от тях обаче, както и тези, които оцелели, избягали при роднините си в планините на сирийското крайбрежие, където останали скрити стотици години от страх от преследване и нови кланета. 

Третите кланета обхващат периода от 1860 до 1925 г. в последните години на Османската империя, по време на които преследването на етнически и религиозни групи в Турция и Сирия се е увеличило. Сред най-известните от тях са големите кланета, извършени срещу арменци, сирийци, халдейци, асирийци и алауити през 1915 г., където броят на жертвите надхвърля 5 милиона от всички споменати групи и други. 

Четвъртото клане е през 1964 г. по време на ерата на сирийския президент Амин ал-Хафиз, по-специално в сирийския регион Хама, където те нападат алауитски и християнски села и убиват стотици техни жители в опит за етническо прочистване на региона, за да възстановят османската мечта и властта на Мюсюлманското братство.  

Петата фаза се простира от 1976 до 1983 г., също водена от т. нар. „Мюсюлмански братя“, по време на ерата на сирийския президент Хафез ал-Асад. Те извършват систематични кланета срещу лекари, инженери, офицери и студенти и насочват атаки към всяка образована алауитска фигура. Това води до събития, включващи студенти от Артилерийския колеж, бомбардировките на автобуси в Масяф и убийствата на всички алауитски лекари и инженери, до които успеят да достигнат в Джабле, Латакия, Тартус, Баниас, Дамаск, Хомс и Хама.  

Последното от тях е клането на сирийското крайбрежие през 2025 г., наречено клането на века поради своята жестокост, при което най-малко 10 000 жертви бяха убити при етническо прочистване на цели семейства само за 48 часа. Това беше извършено от фракции, свързани с правителството в Дамаск, водени от Ахмед ал-Шараа, в допълнение към турската подкрепа чрез идентифициране на районите, където алауитите са присъствали на карти, и известна помощ от местни жители, сунити и туркмени. В крайна сметка, нито един извършител на клане срещу алауитите от древни времена до днес не е бил подведен под отговорност и никой не им е отдал справедливост. По-скоро лидерите са заговорничили срещу тях, дори под прикритието на международни интереси.