Alaviti su bili izloženi više od šest masovnih masakra, od kojih se najistaknutiji dogodio 1218. godine kada su poslali molbu za pomoć princu Makzunu Sinjariju, emiru planine Sindžar, da ih spasi na sirijskoj obali, posebno u Latakiji i Baniasu, gdje su se protiv njih okupile vojske Ajubida i nekih frakcija koje su pripadale sekti Nizarija, poznatoj u to vrijeme kao Asasini. 

Drugi masakr dogodio se 1516. godine od strane Osmanlija za vrijeme vladavine Selima I u području Tella u Alepu, gdje su glave alavita nagomilane u obliku humki u pokušaju Osmanlija da istrijebe alavitsku sektu. Međutim, neki od njih, i oni koji su preživjeli, pobjegli su kod svojih rođaka u planinama sirijske obale, gdje su ostali skriveni stotinama godina iz straha od progona i novih masakra. 

Treći masakri protežu se od 1860. do 1925. godine, u posljednjim godinama Osmanskog carstva, tokom kojih se pojačao progon etničkih i vjerskih grupa u Turskoj i Siriji. Među najistaknutijim od njih bili su veliki masakri koji su se dogodili nad Armencima, Sirijcima, Kaldejcima, Asircima i Alavitima 1915. godine, gdje je broj žrtava iz svih spomenutih i drugih grupa premašio 5 miliona. 

Četvrti masakr se dogodio 1964. godine za vrijeme sirijskog predsjednika Amina al-Hafiza, tačnije u sirijskoj regiji Hama, gdje su napali alavitska i kršćanska sela i ubili stotine njihovih stanovnika u pokušaju etničkog čišćenja regije kako bi obnovili osmanski san i autoritet Muslimanske braće.  

Peta faza trajala je od 1976. do 1983. godine, a također ju je predvodilo takozvano Muslimansko bratstvo, tokom ere sirijskog predsjednika Hafeza al-Assada. Provodili su sistematske masakre nad doktorima, inženjerima, oficirima i univerzitetskim studentima, a ciljali su na sve obrazovane alavitske ličnosti. To je rezultiralo događajima u kojima su učestvovali studenti Artiljerijskog koledža, bombardiranjem autobusa u Masyafu i atentatima na sve alavitske doktore i inženjere do kojih su mogli doći u Jablehu, Latakiji, Tartusu, Baniasu, Damasku, Homsu i Hami.  

Posljednji od njih je masakr na sirijskoj obali 2025. godine, koji je zbog svoje ozbiljnosti nazvan masakrom stoljeća, u kojem je najmanje 10 žrtava ubijeno u etničkom čišćenju cijelih porodica za samo 48 sati. To su izvele frakcije povezane s vladom u Damasku, predvođene Ahmedom al-Sharaaom, uz tursku podršku identificiranjem područja gdje su alaviti bili prisutni na kartama i određenu pomoć lokalnih stanovnika, sunita i Turkmena. Na kraju, nijedan počinitelj bilo kakvog masakra nad alavitima od davnina do danas nije odgovarao, niti im je iko učinio pravdu. Umjesto toga, vođe su kovale zavjeru protiv njih, čak i pod krinkom međunarodnih interesa.