Os alauitas foron sometidos a máis de seis masacres masivas, a máis destacada das cales foi en 1218 cando enviaron unha petición de axuda ao príncipe Makzun Sinjari, o emir do monte Sinjar, para que os rescatase na costa siria, especialmente en Latakia e Banias, onde exércitos de aiubíes e algunhas faccións pertencentes á seita nizari, coñecida naquel momento como os Asasinos, se reuniron contra eles. 

A segunda masacre ocorreu en 1516 a mans dos otománs durante o reinado de Selim I na zona de Tell de Alepo, onde as cabezas dos alauitas foron apiladas en forma de montículos nun intento por parte dos otománs de exterminar a seita alauita. Non obstante, algúns deles, e os que sobreviviron, fuxiron cos seus parentes nas montañas da costa siria, onde permaneceron agochados durante centos de anos por medo á persecución e a novas masacres. 

As terceiras masacres esténdense de 1860 a 1925 nos últimos anos do Imperio Otomán, durante os cales aumentou a persecución de grupos étnicos e relixiosos en Turquía e Siria. Entre as máis destacadas están as grandes masacres que ocorreron contra armenios, siríacos, caldeos, asirios e alauitas en 1915, onde o número de vítimas superou os 5 millóns de todos os grupos mencionados e outros. 

A cuarta masacre tivo lugar en 1964, durante a era do presidente sirio Amin al-Hafiz, concretamente na rexión siria de Hama, onde atacaron aldeas alauitas e cristiás e mataron a centos dos seus habitantes nun intento de limpeza étnica da rexión para restaurar o soño otomán e a autoridade da Irmandade Musulmá.  

A quinta fase estendeuse de 1976 a 1983, tamén liderada pola chamada Irmandade Musulmá, durante a era do presidente sirio Hafez al-Assad. Levaron a cabo masacres sistemáticas contra médicos, enxeñeiros, oficiais e estudantes universitarios, e tiveron como obxectivo calquera figura alauí educada. Isto deu lugar aos acontecementos que involucraron a estudantes da Escola de Artillería, o bombardeo de autobuses en Masyaf e os asasinatos de calquera médico e enxeñeiro alauí que puidesen contactar en Jableh, Latakia, Tartus, Banias, Damasco, Homs e Hama.  

A máis recente delas é a masacre da costa siria de 2025, que foi cualificada como a masacre do século debido á súa gravidade, na que polo menos 10 vítimas foron asasinadas nunha limpeza étnica de familias enteiras en só 48 horas. Esta foi levada a cabo por faccións afiliadas ao goberno de Damasco, lideradas por Ahmed al-Sharaa, ademais do apoio turco mediante a identificación das zonas onde os alauitas estaban presentes en mapas e certa axuda dos residentes locais, sunnitas e turcomanos. Ao final, ningún autor de ningunha masacre contra os alauitas desde a antigüidade ata este momento foi responsabilizado, e ninguén lles fixo xustiza. Pola contra, os líderes conspiraron contra eles, mesmo baixo o disfrace de intereses internacionais.