अलावी लोगों को छह से अधिक बड़े नरसंहारों का शिकार होना पड़ा, जिनमें से सबसे प्रमुख 1218 में हुआ जब उन्होंने सीरियाई तट पर, विशेष रूप से लताकिया और बनियास में, जहां अय्यूबीदों की सेनाएं और निज़ारी संप्रदाय से संबंधित कुछ गुट, जिन्हें उस समय हत्यारों के रूप में जाना जाता था, उनके खिलाफ इकट्ठा हुए थे, उन्हें बचाने के लिए माउंट सिंजारी के अमीर राजकुमार मकज़ुन सिंजारी से मदद की गुहार लगाई। 

दूसरा नरसंहार सन् 1516 में ओटोमन साम्राज्य के सेलिम प्रथम के शासनकाल में अलेप्पो के टेल क्षेत्र में हुआ, जहाँ ओटोमन साम्राज्य ने अलावी संप्रदाय को समाप्त करने के प्रयास में उनके सिर ढेर के रूप में जमा कर दिए। हालाँकि, उनमें से कुछ, और जो बच गए, वे सीरियाई तट के पहाड़ों में अपने रिश्तेदारों के पास भाग गए, जहाँ वे उत्पीड़न और नए नरसंहारों के डर से सैकड़ों वर्षों तक छिपे रहे। 

तीसरा नरसंहार 1860 से 1925 तक, ओटोमन साम्राज्य के अंतिम वर्षों में हुआ, जिसके दौरान तुर्की और सीरिया में जातीय और धार्मिक समूहों पर अत्याचार बढ़ गए। इनमें सबसे प्रमुख नरसंहार 1915 में अर्मेनियाई, सीरियाई, चाल्डियन, असीरियन और अलावी लोगों के खिलाफ हुए थे, जिनमें उल्लिखित सभी समूहों और अन्य समूहों के 5 लाख से अधिक लोग मारे गए थे। 

चौथा नरसंहार 1964 में सीरियाई राष्ट्रपति अमीन अल-हाफ़िज़ के शासनकाल के दौरान हुआ था, विशेष रूप से सीरिया के हमा क्षेत्र में, जहाँ उन्होंने अलावी और ईसाई गांवों पर हमला किया और क्षेत्र के जातीय सफाए के प्रयास में सैकड़ों निवासियों को मार डाला ताकि ओटोमन साम्राज्य के सपने और मुस्लिम ब्रदरहुड के अधिकार को बहाल किया जा सके।  

पांचवां चरण 1976 से 1983 तक चला, जिसका नेतृत्व सीरियाई राष्ट्रपति हाफ़िज़ अल-असद के शासनकाल के दौरान तथाकथित मुस्लिम ब्रदरहुड ने किया। उन्होंने डॉक्टरों, इंजीनियरों, अधिकारियों और विश्वविद्यालय के छात्रों के खिलाफ सुनियोजित नरसंहार किए और किसी भी शिक्षित अलावी व्यक्ति को निशाना बनाया। इसके परिणामस्वरूप तोपखाना महाविद्यालय के छात्रों से जुड़ी घटनाएं, मसियाफ़ में बसों पर बमबारी और जबलेह, लताकिया, टार्टस, बनियास, दमिश्क, होम्स और हामा में जिन भी अलावी डॉक्टरों और इंजीनियरों तक वे पहुंच सके, उनकी हत्याएं हुईं।  

इनमें सबसे ताजा घटना 2025 में सीरियाई तट पर हुआ नरसंहार है, जिसे इसकी भयावहता के कारण सदी का सबसे बड़ा नरसंहार कहा गया। इस नरसंहार में मात्र 48 घंटों में पूरे परिवारों के जातीय सफाए में कम से कम 10 लोगों की हत्या कर दी गई। यह नरसंहार अहमद अल-शारा के नेतृत्व में दमिश्क सरकार से जुड़े गुटों द्वारा किया गया था। इसमें तुर्की का भी सहयोग था, जिसने नक्शों पर अलावी समुदाय के क्षेत्रों की पहचान की थी और स्थानीय निवासियों, सुन्नियों और तुर्कमेनों से भी कुछ सहायता प्राप्त की थी। अंततः, प्राचीन काल से लेकर आज तक अलावी समुदाय के विरुद्ध हुए किसी भी नरसंहार के किसी भी अपराधी को जवाबदेह नहीं ठहराया गया है और न ही उन्हें न्याय दिलाया गया है। बल्कि, नेताओं ने अंतरराष्ट्रीय हितों की आड़ में भी उनके खिलाफ साजिश रची है।