Alawiții au fost supuși a peste șase masacre masive, cel mai important dintre acestea fiind în 1218, când au trimis o cerere de ajutor prințului Makzun Sinjari, emirul Muntelui Sinjar, pentru a-i salva pe coasta siriană, în special în Latakia și Banias, unde armate ale ayubizilor și unele facțiuni aparținând sectei nizari, cunoscute la acea vreme sub numele de Asasini, s-au adunat împotriva lor. 

Al doilea masacru a avut loc în 1516, comis de otomani în timpul domniei lui Selim I, în zona Tell din Alep, unde capetele alawiților au fost îngrămădite sub formă de movile, în încercarea otomanilor de a extermina secta alawită. Cu toate acestea, unii dintre ei și cei care au supraviețuit au fugit la rudele lor din munții de pe coasta siriană, unde au rămas ascunși timp de sute de ani de teama persecuțiilor și a unor noi masacre. 

Al treilea masacre se întinde din 1860 până în 1925, în ultimii ani ai Imperiului Otoman, perioadă în care persecuția grupurilor etnice și religioase din Turcia și Siria a crescut. Printre cele mai importante dintre acestea s-au numărat masacrele majore care au avut loc împotriva armenilor, siriacilor, caldeenilor, asirienilor și alawiților în 1915, unde numărul victimelor a depășit 5 milioane din toate grupurile menționate și altele. 

Al patrulea masacru a avut loc în 1964, în timpul mandatului președintelui sirian Amin al-Hafiz, în special în regiunea siriană Hama, unde au atacat sate alawite și creștine și au ucis sute dintre locuitorii acestora într-o încercare de epurare etnică a regiunii pentru a restabili visul otoman și autoritatea Frăției Musulmane.  

A cincea fază s-a extins din 1976 până în 1983, fiind condusă tot de așa-numita Frăție Musulmană, în timpul mandatului președintelui sirian Hafez al-Assad. Aceștia au comis masacre sistematice împotriva medicilor, inginerilor, ofițerilor și studenților universitari și au vizat orice figură alawită educată. Acest lucru a dus la evenimente care au implicat studenți ai Colegiului de Artilerie, la bombardarea autobuzelor din Masyaf și la asasinarea oricăror medici și ingineri alawiți pe care i-au putut contacta în Jableh, Latakia, Tartus, Banias, Damasc, Homs și Hama.  

Cel mai recent dintre acestea este masacrul de pe coasta siriană din 2025, numit masacrul secolului datorită gravității sale, în care cel puțin 10 de victime au fost ucise într-o epurare etnică a unor familii întregi în doar 48 de ore. Aceasta a fost comisă de facțiuni afiliate guvernului de la Damasc, conduse de Ahmed al-Sharaa, pe lângă sprijinul turc prin identificarea zonelor în care erau prezenți alawiți pe hărți și o oarecare asistență din partea locuitorilor locali, sunniți și turkmeni. În cele din urmă, niciun autor al vreunui masacru împotriva alawiților din cele mai vechi timpuri până în prezent nu a fost tras la răspundere și nimeni nu le-a făcut dreptate. Mai degrabă, liderii au conspirat împotriva lor, chiar și sub pretextul intereselor internaționale.