Алавити су били изложени више од шест масовних масакра, од којих се најзначајнији догодио 1218. године када су упутили молбу за помоћ принцу Макзуну Синџарију, емиру планине Синџар, да их спасе на сиријској обали, посебно у Латакији и Банијасу, где су се против њих окупиле војске Ајубида и неких фракција које су припадале секти Низарија, познатој у то време као Асасини. 

Други масакр догодио се 1516. године од стране Османлија током владавине Селима I у области Тел у Алепу, где су главе алавита нагомилане у облику хумки у покушају Османлија да истребе алавитску секту. Међутим, неки од њих, а и они који су преживели, побегли су код својих рођака у планине сиријске обале, где су остали скривени стотинама година из страха од прогона и нових масакра. 

Трећи масакри се протежу од 1860. до 1925. године у последњим годинама Османског царства, током којих се прогон етничких и верских група у Турској и Сирији повећао. Међу најзначајнијим од њих били су велики масакри који су се догодили над Јерменима, Сиријцима, Халдејцима, Асирцима и Алавитима 1915. године, где је број жртава премашио 5 милиона из свих поменутих група и других. 

Четврти масакр се догодио 1964. године током ере сиријског председника Амина ел Хафиза, тачније у сиријском региону Хама, где су напали алавитска и хришћанска села и убили стотине њихових становника у покушају етничког чишћења региона како би се обновио османски сан и ауторитет Муслиманске браће.  

Пета фаза се протезала од 1976. до 1983. године, такође под вођством такозване Муслиманске браће, током ере сиријског председника Хафеза ел Асада. Спроводили су систематске масакре над лекарима, инжењерима, официрима и универзитетским студентима, а циљали су све образоване алавитске личности. То је резултирало догађајима у којима су учествовали студенти Артиљеријске академије, бомбардовањем аутобуса у Масјафу и атентатима на све алавитске лекаре и инжењере до којих су могли да дођу у Џаблеху, Латакији, Тартусу, Банијасу, Дамаску, Хомсу и Хами.  

Најновији од њих је масакр на сиријској обали 2025. године, који је због своје озбиљности назван масакром века, у којем је најмање 10 жртава убијено у етничком чишћењу читавих породица за само 48 сати. Ово су спровеле фракције повезане са владом у Дамаску, предвођене Ахмедом ел Шараом, уз турску подршку идентификовањем подручја где су алавити били присутни на мапама и извесну помоћ локалних становника, сунита и Туркмена. На крају, ниједан починилац било каквог масакра над алавитима од давнина до данас није позван на одговорност, и нико им није учинио правду. Уместо тога, вође су ковале заверу против њих, чак и под маском међународних интереса.