阿拉維派遭受了六次以上的大規模屠殺，其中最引人注目的一次發生在 1218 年，當時他們向辛賈爾山埃米爾馬祖恩·辛賈裡王子求助，希望他能解救他們在敘利亞海岸，特別是拉塔基亞和巴尼亞斯的遭遇。當時，阿尤布王朝的軍隊和一些屬於尼扎里教派（當時被稱為刺客）的派別在那裡集結起來對抗他們。 

第二次大屠殺發生在1516年，奧斯曼帝國皇帝塞利姆一世統治時期，地點位於阿勒頗的泰勒地區。鄂圖曼帝國將阿拉維派教徒的頭堆成土堆，企圖以此消滅該教派。然而，一些倖存者逃往敘利亞沿海山區投奔親戚，並在那裡躲藏了數百年，以躲避迫害和新的屠殺。 

第三波大屠殺發生在1860年至1925年奧斯曼帝國末期，期間土耳其和敘利亞境內針對不同族裔和宗教群體的迫害愈演愈烈。其中最臭名昭著的是1915年針對亞美尼亞人、敘利亞人、迦勒底人、亞述人和阿拉維派教徒的大屠殺，包括上述族群在內的眾多族群的遇難人數超過5萬人。 

第四次大屠殺發生在 1964 年敘利亞總統阿明哈菲茲執政時期，具體地點是敘利亞哈馬地區。當時，他們襲擊了阿拉維派和基督教村莊，殺害了數百名村民，企圖對該地區進行種族清洗，以恢復奧斯曼帝國的夢想和穆斯林兄弟會的權威。  

第五階段從1976年持續到1983年，同樣由所謂的穆斯林兄弟會領導，正值敘利亞總統哈菲茲·阿薩德執政時期。他們對醫生、工程師、軍官和大學生進行了系統性的屠殺，並針對所有受過教育的阿拉維派人士。這導致了砲兵學院學生遇害事件、馬斯亞夫公車爆炸案，以及在傑布萊、拉塔基亞、塔爾圖斯、巴尼亞斯、大馬士革、霍姆斯和哈馬等地，他們所能接觸到的所有阿拉維派醫生和工程師遭到暗殺。  

最近一起是2025年敘利亞海岸大屠殺，由於其慘烈程度，被稱為「世紀大屠殺」。在短短48小時內，至少有10萬人慘遭殺害，整個家庭都被種族清洗。這場屠殺是由與大馬士革政府有關的派系實施的，這些派係由艾哈邁德·沙拉領導。土耳其方面也提供了支持，他們在地圖上標明了阿拉維派的聚居區，當地居民、遜尼派和土庫曼人也參與其中。最終，從古至今，所有針對阿拉維派的大屠殺的肇事者都沒有被追究責任，也沒有人為他們伸張正義。相反，有些領導人甚至打著國際利益的幌子，對他們進行陰謀陷害。